et bien oui il faut utiliser le flag EMT_TRANSPARENT_ALPHA_CHANNEL, mais l'ordre n'a pas d'importance, que se soit avans ou après quoi que se soit ( enfine après l'initialiasation mais sa je pensse que tu t'en doute )

tu devrait desactiver le flag EMF_FOG aussi, histoire d'être sur, je ne sais plus s'il y est par default ... je ne croix pas mais bon
sinon pour info le jpg/jpeg ne suporte pas la transparence, il te faut passer par un png/tga/bmp ( mais irrlicht ne supporte pas l'alpha en bmp ( mode: argb 32bit ) il me semble, à voir dans les sources ... )
donc du coup, forcement ton éditeur d'image remplace l'alpha channel par une autre couleur