Bon dsl j'est pas trop le temps la ... donc va pour la methode bourin ;')

tu récupere la racine du dossier avans la boucle ( getWorkingDirectory() )
quand tu crée un dossier tu recrée une autre variable ( en dehort de la boucle ) qui stocke le chemain.

si file != folder
changer le dossier courant par celui du dossier précédament créee
écrire le fichier
rechanger le dossier courant par la premier récupérer ( la racine du dossier source )

Test pis si ses pas ça faudras attendre vendredie soir que je rentre cher moi... pas le temps ici !