En effet il va falloir creer les lignes sur chaque viewport car en fait quand tu fais un drawAll du scène manager il fais appels a toutes ces fonctions du driver du type draw3DLIne, draw3DTriangle... Donc puisque tu fais appels à un drawall pour chaque viewport il fais faire les lignes pour caque aussi.

Sinon sans tenir conte des viewports ton cube ou plutot ton repère se place t'il bien en 0?

Si tu galère vraiment trop comme ça tu peux utiliser des cubes pour faire le repère(avec un scale très petit sur y et z, pour le vecteur x...) ça ne solutionne pas ton problème mais le contourne et simplifirait ton code.