est tu sur que l'exe généré est bien celui que tu lance (entre ide/exploreur) ?
a tu plusieurs targets ? (debug/release/...)
unix, windows ?

j'ai souvenir d'avoir eu un problème similaire, je ne sais plus vraiment ce que j'avais fait
commence par supprimer tout les fichier généré par codeblocks *.o, *.depend, .fuse_hidden*, gmon.out, .obj/
fichier temporaire %TEMP% ou /tmp/*
un "rebuild all"

c'est un sujet sur le quelle on ne trouve pas beaucoup d'info