Je pense que tu te complique la tache. Etant donné que tu n'auras pas de problème de performances, il serait mieux que tes éléments soient dans des fichiers différents.
Un truc du genre:
DOSSIER : Maison001

• > Toit01.3ds
• > Toit02.3ds
• > Murs.3ds

...

Ensuite, tu créés un ISceneNode* EmptySceneNode, que tu appelles Root par exemple, et tu lui attaches les éléments de ta maison (IMeshSceneNode*). Ensuite puisque tu connais les éléments attachés à Root, tu n'auras aucun mal à supprimer des éléments pour les remplacer par d'autres.

Il est possible de trouver les éléments mais ce serait fastidieux de les modifiés.
Si je ne me trompe pas ton objet est chargé comme suit:
IMesh* modele3ds;
IMeshBuffer* element0 = modele3ds->getMeshBuffer(0);
IMeshBuffer* element1 = modele3ds->getMeshBuffer(1);
... jusqu'à modele3ds->getMeshBufferCount(); (ou un truc du genre, je fais de tete^^).

Bonne prog'